Su Federación fue fundada el 30 de Mayo de 1925 y se afilió a la FIFA en 1926.  Fueron invitados a participar del Mundial de 1930, pero rechazaron la invitación, por lo tanto recién en 1939 tuvo su primera participación internacional en el Campeonato Sudamericano (lo que ahora es conocido como la Copa América).  En este campeonato, su debut fue con una goleada en contra de 5-2 ante Perú, luego goleados 6-0 por Uruguay, goleada de 4-1 por Chile y derrotados 3-1 por Paraguay (el campeón fue Perú).

Recién después de 17 partidos en el Campeonato Sudamericano pudieron sacar 1 punto: 0-0 con Bolivia.  Anteriormente a eso, acumulando todos los partidos perdidos, habían convertido 15 goles y les convirtieron 85, en el Campeonato de 1945.  Ese mismo año se jugó un triangular llamado la Copa Mariscal Sucre y volvieron a igualar con Bolivia 0-0 pero perdieron con Colombia 3-1.

Su peor goleada se dio en el Campeonato Sudamericano de 1942 en Uruguay, al ser goleados por Argentina 12-0.

En el Campeonato Sudamericano de 1949 se dio otra de sus peores goleadas, al ser derrotados 9-1 ante Brasil.

De a poco fueron mejorando sus actuaciones y organizaron la Copa de 1947:  igualaron con Bolivia 2-2, igualaron 0-0 con Colombia, perdieron 3-0 con Chile, fueron goleados por Uruguay 6-1, otra igualad de 0-0 ante Perú, cayeron derrotados 2-0 por Argentina y 4-0 con Ecuador.  En este torneo finalmente lograron salir del último lugar, que quedó para Colombia.

Su primer triunfo recién fue en el Campeonato Sudamericano de 1949 ante Colombia y con goleada de 4-1.  Hasta ese partido, sumando todos los torneos, Ecuador llevaba un registro de 0 victorias, 4 empates y 29 derrtotas, con 26 goles a favor y 132 en contra.

Un empate histórico se produjo en la Copa del ’59 jugada en Ecuador, al igualar 1-1 con la Argentina e iban arriba 1-0 al finalizar el primer tiempo.  Y por primera vez vencieron a Paraguay, por 3-1.

En 1960 jugaron sus primeras eliminatorias rumbo al Mundial de 1962.  El formato era a partidos ida y vuelta ante una selección y les tocó Argentina, siendo derrotados 11-3 en el resultado global.

Tras varios intentos fallidos en distintas competencias internacionales, a mediados de la década del ’90 este país sudamericano comenzó a finalmente conseguir buenos resultados.  En la Copa América del ’93 jugada en Ecuador, comenzaron goleando a Venezuela 6-1, vencieron a Estados Unidos 2-0 y a Uruguay 2-1, para terminar primeros en su grupo.  En los Cuartos de Final vencieron a Paraguay 3-0 y finalmente caerían en la semifinal ante México por 2-0.  Terminaron en la cuarta ubicación, perdiendo 1-0 con Colombia por el partido por el tercer lugar.  El recuerdo del 6-1 a Venezuela (el guardameta era Dudamel, actual DT de Venezuela):

 

En 1995 fueron invitados a jugar la Copa Corea, disputado en Corea del Sur.  Debutaron goleando a Zambia 4-1, igualaron con el Trelleborgs FF de Suecia 1-1 y vencieron 2-1 al KV Mechelen de Bélgica 2-1, logrando pasar a la siguiente ronda.  Jugaron la semifinal ante Costa Rica, ganando 2-1 y la Final fue ante Zambia, al que derrotaron 1-0 y lograron proclamarse campeones por primera vez en su historia de una copa internacional (lamentablemente no hay video disponible).

En la Copa América del ’97 volvieron a tener una buena participación, logrando terminar primeros en su grupo al igualar con Argentina 0-0, venciendo a Paraguay 2-0 y 2-1 sobre Chile, siendo eliminados nuevamente por México por penales 4-3, tras igualar 1-1:

 

En 1999 volvieron a ganar otra Copa, la Copa Canadá, un cuadrangular con Irán, Canadá y Guatemala.  Igualaron 1-1 con Irán, vencieron a Guatemala 3-1 y cerraron su participación venciendo a Canadá 2-1 y proclamándose campeones.

La sorpresa fue en la Copa Oro del 2002, donde fueron invitados a jugar: perdieron con Haití 2-0 y vencieron a Canadá 2-0, pero quedaron eliminados:

Esta generación de jugadores marcó una época de Ecuador, donde han crecido bastante y el momento mágico fue clasificarse al Mundial de Corea- Japón 2002, terminando segundos en la tabla de posiciones, donde se destaca un triunfo sobre Brasil 1-0 y golearon a Bolivia como visitantes 5-1, siendo éste su mejor triunfo en condición de visitante:

 

Para el Mundial les tocó debutar con Italia y cayeron 2-0, luego caerían con México 2-1 y se despedirían del Mundial venciendo a Croacia 1-0.

Volvieron a clasificar al Mundial en el 2006, donde nuevamente vencieron a Brasil 1-0 en las eliminatorias, 2-0 a Argentina y golearon a Paraguay 5-2, entre otros resultados y terminaron invictos como locales en la fase clasificatoria.  En el Mundial debutaron con una gran victoria ante Polonia 2-0, luego triunfo sobre Costa Rica 3-0 y terminaron la fase de grupos perdiendo con Alemania 3-, logrando clasificar a la siguiente ronda y perdieron en forma muy ajustada con Inglaterra 1-0:

 

En el 2007 jugaron los Juegos Panamericanos en Brasil, donde debutaron igualando con Costa Rica 1-1, el segundo encuentro fue con un triunfo de 3-2 sobre Honduras y luego pegaron el «Maracanazo» versión ecuatoriana, al golear a Brasil 4-2.  En la semifinal les tocó Bolivia, al que vencieron 1-0 y en la Final fue triunfo sobre Jamaica 2-1:

 

Dieron un paso para atrás en quedar eliminados del Mundial del 2010, pero volvieron a clasificar para el 2014 y comenzaron cayendo ante Suiza 2-1, luego vencieron a Honduras 2-1 y cerraron su participación igualando 0-0 con Francia, finalizando en el tercer lugar en el grupo.

Para la Copa Centenario del 2016 comenzaron empatando con Brasil 0-0, igualaron 2-2 con Perú y golearon a Haití 4-0.  En los Cuartos de Final enfrentaron a Estados Unidos, que los eliminó venciendo 2-1:

No lograron clasificar para Rusia 2018 y lograron ganar por primera vez en su historia ante Argentina en condición de visitante, pero queda en el recuerdo el partido donde Lionel Messi convirtió tres goles para clasificar a Argentina:

 

Jugador con más prescencias: Iván Hurtado, defensor, con 168 partidos

Máximo goleador:  Agustín Delgado con 31 goles en 71 partidos

Jugadores destacados:  Alexander Domínguez, portero (Colón de Santa Fe, Argentina), Antonio Valencia, mediocampista (Manchester United, Inglaterra) y Felipe Caicedo, delantero (Lazio, Italia)