Un país con historia y con un presente futbolístico muy pobre.  Es una de las federaciones más antiguas, donde se registra el primer encuentro en su país entre dos equipos de Santa Ana y San Salvador y con muchos jugadores ingleses en ambos equipos, siendo Santa Ana el vencedor por 2-0.

En 1921 jugaron su primer encuentro internacional y fueron goleados por Costa Rica 7-0, por los Juegos Centenarios de la Independencia.  Tras algunos amistosos, el 7 de Diciembre de 1928 lograron su primera victoria con un contundente 5-0 sobre Honduras.  Lo particular de ésto fue que no solamente fue el primer encuentro donde anotaron goles, si no que hay que agregar que el que anotó los cinco goles fue Gustavo «Tinche» Marroquín.

En 1935 logran la medalla de bronce en los Juegos Centroamericanos y del Caribe, mientras que en 1941 participan de la Copa Centroamericana y del Caribe y terminan como sub- campeones, donde se destaca un 8-0 sobre Nicaragua.  Vuelven a salir sub- campeones de este torneo, el último disputado en 1961.  En la fase de grupos comienzan igualando con las Antillas Holandesas 0-0, luego vuelven a golear a Nicaragua, esta vez 10-2 y cierran venciendo a Honduras 1-0.  En el cuadrangular final vencen a Haití 2-0, son goleados por Costa Rica 4-0 y golean a Honduras 5-1, saliendo sub- campeones.

En 1943 logran ganar este campeonato: igualan 2-2 con Guatemala, golean 8-1 a Nicaragua, vencen a Guatemala 2-1, le ganan a Costa Rica 4-2, vuelven a golear a Nicaragua y esta vez 10-1 y en el partido final pierden con Costa Rica 4-2, pero logran salir campeones.

En 1954 ganan la medalla de oro de los Juegos Centroamericanos y del Caribe: igualan 2-2 con Colombia, vencen a Cuba 3-1, 3-2 sobre México y cierran venciendo a Panamá 2-1.

Lograron clasificar para los Juegos Olímpicos de 1968 y fueron goleados por Hungría 4-0, perdieron con Israel 3-1 e igualaron con Ghana 1-1, despidiéndose en la primera ronda (el ganador de la medalla de oro fue Hungría, la de plata Bulgaria y la de bronce Japón).

Con respecto a las eliminatorias para el Mundial, recién comienzan a incursionar en la misma para el Mundial del 1970.  En la ronda inicial golean a la Guayana Holandesa 6-0 y luego le ganan a las Antillas Neerlandesas 1-0.  Lo particular fue la definición con Honduras, ya que no había diferencia de gol.  Fue durante la Guerra de las 100 Horas en un conflicto bélico entre las dos Naciones.  Se disputó el primer encuentro en Tegucigalpa, Honduras y ganó el local 1-0.  El segundo encuentro fue en San Salvador, El Salvador y ganó el local 3-0, pero como no existía el resultado global se tuvo que disputar un tercer encuentro, que fue en cancha neutra, en el Estadio Azteca en México y lo ganó El Salvador 3-2 y se clasificaron para la ronda final ante Haití:

 

Con Haití nuevamente fueron tres partidos:  En Puerto Príncipe, Haití, ganaron los salvadoreños 2-1, pero jugando como locales perdieron 3-0 y tuvieron que definir en Kingston, Jamaica y ganaron 1-0 en tiempo suplementario y se clasificaron para el Mundial por primera vez en su historia.

En el Mundial se despidieron rápidamente sin haber convertido goles y con tres derrotas: 3-0 con Bélgica, 4-0 con México y 2-0 con la Unión Soviética.  El recuerdo de aquel encuentro ante México:

Sorpresivamente para el Mundial del ’74 los eliminó Guatemala, perdiendo ambos partidos 1-0, mientras que para el ’78 clasificaron al Hexagonal final y finalizaron terceros.

Su última participación en un Mundial fue en España ’82.  Comenzaron ganando, junto a Honduras, la zona de Centroamérica.   En el Hexagonal final se destaca el triunfo como visitante ante México 1-0:

En el Mundial del ’82 dejaron una marca negativa al ser goleados 10-1 por Hungría.  Con este resultado igualaron la peor marca de diferencia de goles en un Mundial de 9 de diferencia, siendo que los húngaros habían goleado 9-0 a Corea del Sur en 1954 y Yugoslavia 9-0 sobre Zaire, pero es la única vez que se han marcado más de 10 goles en un partido.  Después de esto perdieron en forma ajustada con Bélgica 1-0 y con Argentina 2-0.  Un resumen de aquel Mundial:

 

Su último logro fue en el 2002, por los Juegos Centroamericanos y del Caribe: golean 4-0 a Nicaragua y le ganan a la República Dominicana 3-0.  En los Cuartos de Final le ganan a Venezuela 1-0, vencen a Haití 1-0 en la semifinal y en la Final le ganan a México por penales 4-3, tras igualar 1-1 y ganar la medalla de oro:

 

El punto más bajo se dio en el 2013 cuando encontraron a 22 jugadores culpables de soborno para dejarse perder, con el más vergonzoso una goleada de 5-0 de México en la Copa Oro del 2011:

 

La última alegría que han tenido fue al eliminar a Estados Unidos de los Juegos Olímpicos del 2012, aunque no lograron clasificarse:

 

Para el Mundial de Rusia 2018 quedaron eliminados en la cuarta ronda, empatando dos encuentros y perdiendo cuatro. 

Jugadores destacados: Arturo Álvarez, mediocampista (Chicago Fire, Estados Unidos), Darwin Cerén, mediocampista (San José Earthquakes, Estados Unidos) y Rodolfo Zelaya, delantero (Alianza, El Salvador)

Jugador con más participaciones: Alfredo Pacheco, con 86 encuentros pero fue uno de los jugadores que fue encontrado culpable por amaño de partidos.  Fue asesinado en el 2015 de un tiro en el abdomen.

Máximo goleador: Raúl Diaz Arce con 39 goles