Un país que se independizó en 1918 del imperio ruso.  Su primer encuentro fue ante Finlandia el 17 de Octubre de 1920 y fueron goleados 6-0.

Un par de años más tarde en Helsinki, Finlandia, sufrieron su peor goleada con un 10-2.

Su única participación fue en los Juegos Olímpicos de 1924 y perdieron con Estados Unidos 1-0.

El 26 de Julio de 1928 consiguieron una de sus mejores goleadas, al ganarle a Lituania 6-0 en Talinn, Estonia.

El 11 de Junio de 1933 jugaron su primer compromiso por eliminatorias para un Mundial y fueron goleados por Suecia 6-2.

Para las eliminatorias del Mundial de 1938 comenzaron ganando ante Suecia 2-0 para luego perder 6-2.  Su primer triunfo fue ante Finlandia por 1-0 y le ganaban a Alemania 1-0 para luego perder 4-1.

En 1940 fueron ocupados por la Unión Soviética y no se independizaron hasta 1991, por lo tanto obviamente no hay ninguna participación.  Su último encuentro antes de ser ocupado fue el 18 de Julio de 1940 ante Latvia y ganaron 2-1.

Oficialmente volvieron a jugar en 1992 en un amistoso ante Eslovenia e igualaron 1-1.  Hasta 1993 hubo una disputa interna porque 97 jugadores que no eran ciudadanos estonios querían participar e incluso acusaron al DT de aquella época, Uno Piir y 4 jugadores de hablar en ruso en el plantel.   Con todos estos problemas decidieron participar de las eliminatorias rumbo a Estados Unidos ’94, perdiendo 9 encuentros e igualando 1 ante Malta, con un gol a favor y 27 en contra.  Desde Octubre del ’93 hasta Octubre del ’96 no ganaron un solo partido.

Siguiendo con los malos resultados, la eliminatoria rumbo a la Euro del ’96 los golearon 7-1 los croatas y 5-0 por Lituania.

En concreto, nunca se han clasificado a ningún Mundial ni a ninguna Eurocopa, pero sí lograron llegar al repechaje de la Eurocopa del 2012, donde integraron el grupo junto a Eslovenia, Islas Faroe, Italia, Irlanda del Norte y Serbia, donde se destaca una ajustada derrota con Italia 2-1, pero le ganaron a Serbia como visitantes 3-1, Eslovenia 2-1 y el gran golpe fue un 4-1 sobre Irlanda del Norte.  Un resumen de lo que fue aquella eliminatoria:

 

El 5 de Junio del 2012 Estonia se convirtió en la única selección en haber disputado por lo menos un encuentro ante los 52 países que integraban la UEFA.  Pero al ser agregado Kosovo en Mayo del 2016, ahora le queda enfrentarse a Kosovo para completar la lista.

En el 2013 consiguieron un empate histórico al igualar con los Países Bajos 2-2:

 

Para las eliminatorias al Mundial terminaron en el cuarto lugar, en el grupo que integraron con Bélgica, Bosnia Herzegovina, Chipre, Gibraltar y Grecia.  Fueron goleados por Bélgica 8-1:

También en la misma eliminatoria golearon a Gibraltar 4-0:

Y en el 2017 consiguieron su mejor resultado hasta el momento, por el nivel del rival y porque van a jugar el Mundial del 2018: 3-0 sobre Croacia, el 28 de Marzo del 2017.

 

Y el 7 de Octubre del 2017 consiguieron su mejor resultado histórico como visitante al golear a Gibraltar 6-0:

 

Jugadores destacados: Ragnar Klavan, defensor (Liverpool, Inglaterra), Karol Mets, defensor (NAC Breda, Países Bajos) y Mattias Käit, mediocampista (Fulham, Inglaterra)

Jugador con más prescencias: Martin Reim, defensor, con 157 partidos y 14 goles.

Máximo goleador: Andres Oper con 38 goles en 134 partidos.