Muy poca historia de esta selección de Asia, ya que nunca se han clasificado al Mundial, Juegos Olímpicos o la Copa de Asia.

La Federación fue fundada por 1913, siendo una de la más antiguas del Continente.  Ese año participaron de los primeros Juegos del Este Asiático y fue solamente un encuentro ante China y lo ganaron 2-1 (aunque en China dicen que fue 3-1) y se proclamaron campeones del certamen.  La revancha fue en 1915 y ganaron los chinos 2-0.

La tercera edición fue en 1917 e incluyó a Japón y con una goleada histórica, la mejor en su historia: ¡Filipinas 15- Japón 2!  Terminaron saliendo sub-campeones al perder con China 3-0.  Tras sucesivos sub-campeonatos, este torneo finalizó en 1930 y Japón goleó a Filipinas 7-2, lo que era hasta aquel momento su peor resultado.

La Selección nunca recibió apoyo financiero y en la década del ’50 se destaca un triunfo ante Japón por los Juegos de Asia de 1958, que a esta altura ya era más fuerte, por 1-0.  En 1958 varios jugadores dejaron de jugar para la Selección por problemas económicos e incluso un par de Ellos decidieron ir a jugar al básquetbol.

La década del ’60 fue nefasta, con dos goleadas que siguen siendo las peores en su historia: 15-1 con Malasia en 1962 y luego la peor en 1967, un 15-0 con Japón.

Su mejor actuación en un torneo fue en los Juegos del Sudeste Asiático terminando en la cuarta ubicación.  Este torneo lo juegan en la actualidad Brunei, Camboya, Filipinas, Indonesia, Laos, Malasia, Myanmar, Sngapur, Tailandia, Timor- Leste y Vietnam.

En las últimas eliminatorias para el Mundial del 2018, bajo la dirección técnica del mundialista estadounidense de 1994 Thomas Dooley, ganaron por primera vez en su historia como visitantes en las eliminatorias al vencer a Yemén 2-0:

El 7 de Junio del 2017, en un amistoso, fueron goleados por China 8-1:

Jugadores destacados:  Neil Etheridge, guardameta (Cardiff City, Gales), Daisuke Sato, defensor (Horsens, Dinamarca) y Harry Föll, mediocampista (Hansa Rostock, Alemania)